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                                               细菌16S rDNA扩增引物

    核糖体RNA(rRNA)是生物细胞中主要的核糖核酸之一。rRNA分子的一级结构既具有高度保守性区域,又具有高度变化特异性区域。保守区域反映了生物物种间的亲缘关系,可用于构建生命统一进化树,而高度变化特异区域则能表明物种间的差异,可用于区别属或者种。

    16S rRNA位于原核细胞核糖体小亚基上,是细菌分类学研究中最常用的"分子钟",其序列包含10个保守区域和9个高度变化特异性,其中保守区在细菌间差异不 大,高度变化性特异性区域具有属或种的特异性,序列则随菌间的亲缘关系不同而有一定的差异。因此,16S rRNA基因是能揭示生物物种的特征核酸序列,被认为是最适于细菌系统发育和分类鉴定的指标。

    16S rDNA基因测序,通常是选择某个或某几个变异区域,选择通用引物进行扩增成PCR产物,然后进行测序分析和菌种鉴定。通过检测16S rDNA的序列变异和丰度,可以了解环境样品中群落多样性信息?;?6S rDNA的分析在微生物分类鉴定,微生态研究等方面起到重要作用。

    18S rDNA或ITS(Internal Transcribed Spacer)被广泛应用在真菌分类鉴定中。18S rDNA在系统发育研究中较适用于种级以上阶元的分类。ITS属于中度保守的区域,利用它可研究种及种以下的分类阶元。

    B-V1-9A-F(10 nmol)

    5'-GAGTTTGATCATGGCTCAG-3'

    B-V1-9C-F(10 nmol)

    5'-GAGTTTGATCCTGGCTCAG-3'

    B-V3-541R(10 nmol)

    5'-WTTACCGCGGCTGCTGG-3'

    W=A or T

    B-V6-967F(10 nmol)

    5'-CNACGCGAAGAACCTTANC-3'

    N=A or G or C or T

    B-V6-1046R(10 nmol)

    5'-CGACAGCCATGCANCACCT-3'

    B-V9-U1406R(10 nmol)

    5'-CGGAACATGTGTGGCGGGCAG-3'

    B-V9-N1406R(10 nmol)

    5'-AACGTGAGTGGCGGGCA-3'

    B-V9-UA1406R(10 nmol)

    5'-AACRTGWGTGGCGGGCA-3'

    R=A or G

    W=A or T

    B-V9-1541R(10 nmol)

    5'-AAGGAGGTGATCCANCCRCA-3'

    N=A or G or C or T

    R=A or G

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                                                  1).引物序列;
                                                  2). OD值;
                                                  3).Tm 等详细信息数据。

     

    【参考文献】 

    Nam Y-D, Jung M-J, Roh SW, Kim M-S, Bae J-W. (2011) Comparative Analysis of Korean Human Gut Microbiota by Barcoded Pyrosequencing. PLoS ONE 6(7): e22109.

    Baker GC, Smith JJ, Cowan DA (2003) Review and re-analysis of domain specific 16S primers. J Microbiol Methods 55: 541–555.

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